Pago en especie (o pago en especies) es la expresión adecuada para decir que algo se paga (o se cobra) 'en frutos o géneros y no en dinero'. Por tanto, no es apropiado hablar de pago en especia (ni pago en especias).
Aunque es poco frecuente, a veces se encuentran documentos, sobre todo económicos, donde se usa el acrónimo inglés PIK (payment in kind) para referirse al pago en especie. En caso de optar por dicho acrónimo en textos en español, es recomendable aclarar su significado entre paréntesis, por lo menos la primera vez que se emplee.
En cualquier caso, la mayoría de la gente rara vez paga en especie, pero la expresión pago en especie (o especies) es bastante común en el lenguaje coloquial, con lo que más vale usarla bien.